Der EHB-Rat ist das strategische Führungsorgan des EHB. Er setzt sich aus neun vom Bundesrat gewählten Mitgliedern zusammen.
Der EHB-Rat legt die strategischen Ziele für die Entwicklung des EHB im Rahmen des Leistungsauftrages fest. Er ist dem Bundesrat gegenüber für die Erfüllung des Leistungsauftrags und die Einhaltung des Budgets verantwortlich.